Christoph Schönborn est né le 22 janvier 1945 à Skalken près de Leitmeritz (Litoměřice en Bohème). Après la fuite de sa famille, il grandit à Schruns au Vorarlberg (Ouest de l'Autriche) et entra dans l'Ordre des Dominicains en 1964. Il effectua ses études de théologie et de philosophie à Walberberg près de Bonne, à Vienne et à Paris et a été ordonné prêtre par le Cardinal König. Ensuite, il acquit son doctorat à l'Institut Catholique de Paris avant de passer un an à l'Université de Ratisbonne, où le futur Pape Benoît XVI fut son maître. C'est depuis cette époque qu'il fait partie du "Ratzinger Schülerkreis" - le groupe des disciples de Joseph Ratzinger - qui se réunit une fois par an.

Entre 1973 et 1975, il fut aumônier universitaire à Graz et de 1975 à 1991 professeur de dogmatique et de théologie de l'Orient chrétien à la Faculté Théologique Catholique de Fribourg en Suisse. En 1980 il fut coopté membre de la Commission Internationale des Théologiens du Saint Siège et en 1987 il devint Secrétaire de la Rédaction du "Catéchisme Universel".

En 1991, Christoph Schönborn fut consacré évêque auxiliaire. Depuis 1995 il est archevêque de Vienne et en tant que tel métropolite de la province ecclésiale de Vienne et ordinarius pour les fidèles de rite byzantin en Autriche. En 1996, il prêcha la retraite de Carême pour Jean Paul II et la Curie et la même année il reçut le Pallium.

Depuis 1998, Christoph Schönborn est Cardinal et son église titulaire à Rome est Gesù Divin Lavoratore. Il est membre de la Congrégation pour la Foi, de celle pour l'enseignement catholique, du Conseil pontifical de la Culture et du Conseil pour la promotion de la Nouvelle Evangélisation. Sa devise est tirée de l'Evangile selon Saint Jean (Jn 15,15): "Mais moi, je vous appelle amis."