Nach der Besteigung der Granitstufen des Kirchenhügels gelangt man auf das 6,5 Meter hohe Plateau, dem freien Platz vor der Kirche.

Der Baustil der Kirche ist eine einfache moderne Gotik, doch mit dem 42 Meter hohen Turm sehr ansprechend. Über dem großen Haupttor steht mit gezücktem Schwert, der treue Wächter dieser Kirche, der heilige Erzengel Michael.

Im Spitz zulaufenden oberen Winkel des Tores bemerken wir ein sehr schönes Mosaikbild mit einer Darstellung der Muttergottes mit dem Jesuskind auf dem Arm, auf einem Thron sitzend, mit zwei knienden Engeln auf beiden Seiten, die sich huldigend vor ihrer Herrin verneigen. Als Einrahmung dieses Bildes dient ein breites blaues Spruchband mit lateinischer Inschrift, die übersetzt lautet: "Sei gegrüßt, du Königin des Himmels, sei gegrüßt du Herrin der Engel, sei gegrüßt du Wurzel, sei gegrüßt du Pforte, aus der das Licht der Welt hervorgegangen."

Diese schöne marianische Antiphon wird für gewöhnlich während der Fastenzeit als Abschluss des kirchlichen Stundengebetes gesungen.

So wie das Äußere der Kirche, bietet auch die Architektonik des Inneren den harmonischen edlen Stil der Neugotik. Die Ebenmäßigkeit in der Linienführung gibt dem ganzen Bau eine unaufdringliche, weihevolle Stimmung und wirkt trotz der Einfachheit, oder vielleicht gerade deswegen, in gewissem Sinne vornehm.

Der Grundriss der Kirche stellt ein Kreuz dar, hat ein Hauptschiff und ein kleines Querschiff. Der ganze Raum ist hoch und licht und mit Ziegeln in Spitzbogentechnik gewölbt. In der Länge misst das Innere der Kirche bis zum Altarraum 17 m und in der Breite 9,5 m. Der in den Ecken abgeschrägte viereckige Altarraum misst 6,5 m in der Länge und 6 m in der Breite.

An den beiden Seiten des Kirchenschiffs erblicken wir Engelsgestalten in großer Zahl, welche singend und spielend ihrer geliebten Königin entgegeneilen, um ihr zu huldigen. Die einzelnen Engel sind in Lebensgröße dargestellt. Auf den Fahnen, die einzelne Engel tragen, befinden sich Inschriften aus dem Salve Regina.

Vorne, an der vorspringenden Mauerfläche des Altarraumes dem Triumphbogen, erblicken wir eine andere heilige Gemeinschaft, die gleichfalls in inniger Beziehung zur Muttergottes oder zur Kirche steht.

Auf der linken Seite sehen wir zunächst die irdischen Verwandten der seligsten Jungfrau Maria, ihre heiligen Eltern Joachim und Anna, ihre Base Elisabeth mit Zacharias, deren Sohn und Vorläufer Jesu, Johannes den Täufer, den ihr, vom sterbenden Erlöser vom Kreuze herab, als Sohn übergegebenen Johannes den Evangelisten, Judas Thaddäus und den königlichen Ahnherren und Psalm Sänger David.

Auf der rechten Seite erblicken wir die Säulen der Kirche Christi, die heiligen Petrus und Paulus, den in dieser Gegend das Evangelium verkündenden Apostel Norikums, den heiligen Severin, den Gründer des Stiftes Klosterneuburg, den heiligen Leopold, die heiligen Antonius und Klara unter Beziehung auf den Namen der Kirche "Protiunkula", ferner den heiligen Florian, der im nahen Zeiselmauer als römischer Offizier lebte, sowie den heiligen Klemens Maria Hofbauer, den jüngsten Heiligen zur Zeit der Einweihung der Kirche.

Diese beiden Heiligengruppen vereinigen sich in am oberen Ende des Bogens in einer kleinen Gruppe heiliger Engel, welche in den Händen Spruchbänder tragen mit den Inschriften: "Königin der Engel", "Muttergottes" und "Hilfe der Christen".

In gleicher Front mit diesem Triumphbogen, zu beiden Seiten der Seitenaltäre, befinden sich weitere Wandgemälde. Zur linken Hand die Erscheinung des göttlichen Heilandes an die heilige Margaretha Alacoque.

Auf der rechten Seite befindet sich die Darstellung des Empfangs der Wundmale des heiligen Franziskus durch den Seraph.

Als Zentrum und Hauptpunkt der Kirche gilt der Hochaltar, der, soweit es die bescheidenen Mittel des Kirchenbauvereins gestatteten, stilgerecht und der erhabenen Bestimmung entsprechend auch kunstvoll und würdig ausgestattet wurde. Wie die katholische Lehre Fortsetzung und Vollendung des Alten Bundes ist, so sollte diese Tatsache auch in der äußeren Gestaltung des Hochaltars zum Ausdruck kommen. Die Bundeslade des Alten Testaments wird uns als viereckiger Schrein geschildert, auf dessen oberen Teile zwei Cherubim in anbetender Stellung plastisch dargestellt waren. Die ersten christlichen Altäre hingegen wurden auf den Grabstätten heiliger Märtyrer in den Katakomben Roms errichtet, und zwar so, dass die Grabsteine den Opferaltar des Priesters bildeten. Deshalb ersann der Erbauer auf eine glückliche Vereinigung der Altäre des Alten und Neuen Testaments zu einem harmonischen Ganzen.

Den Altartisch, aus kostbarem weißen Cararamarmor, zieren an der Vorderseite vier gotische Säulen aus rotem Marmor, zwischen denen im Mittelfeld des Monogramm Christi und zu beiden Seiten die griechischen Buchstaben Alpha und Omega als Symbole der Göttlichkeit Christi, der der Anfang und das Ende alles Geschaffenen ist. Links und rechts neben dem Tabernakel befinden sich die plastischen Darstellungen der Vorbilder des allerheiligsten Altarsakraments aus dem Alten Bunde, der Opferung Isaaks durch Abraham und das Opfer Melchisedeks.

Vor dem Altar brennen zwei Ewig-Licht-Lampen und zeigen die Präsenz des göttlichen Heilandes an.

Erheben wir den Blick aufwärts, so sehen wir das Hochaltarbild vom Meister Josef Kastner, der auch die übrigen Bilder malte. In einem großen gotischen Rahmen, der von zwei schwebenden Engeln getragen wird und sehr reich vergoldet ist, sieht auf uns herab, die von der ganzen Christenheit so sehr geliebte Mutter unseres Erlösers, Maria in ihrer erhaben Würde als Königin der himmlischen Heerscharen mit dem göttlichen Heiland in ihren Armen. Drei jugendliche Engel umschweben die Herrin und weisen mit liebenden Gebärden auf ihre in den Händen tragenden Symbole der Rosenkranzgeheimnisse hin, auf Lilie, Kreuz und Strahlenkrone

Der linke Seitenaltar ist dem Heiligsten Herzen Jesu geweiht. Die 140 cm hohe Statue ist ein Geschenk des Pfarrers Msgr. Stöber.

Der rechte Seitenaltar ist dem seraphischen heiligen Franziskus geweiht. Hier ist der Tabernakel erwähnenswert, dessen Türchen eine geschliffene Glastafel bildet, hinter welcher alle der Kirche gehörigen Reliquien zur Verehrung ausgestellt sind.

Die auf der rechten Seite des Triumphbogens stehende Kanzel aus Kunststein wurde ursprünglich für eine Kunstaustellung nach dem Original der Kanzel der Kirche in Katzelsdorf geschaffen. Wegen des Ersten Weltkrieges konnte die Ausstellung nicht stattfinden, so konnte sie um den bloßen Materialwert erstanden werden.

Als Gegenstück zur Kanzel befindet sich auf der linken Seite ein Kruzifix mit fast lebensgroßem Corpus Christi, ein Originalwerk des Bildhauers Leopold Kastner, eines Neffen des Malers Josef Kastner, der die Malereien der Kirche schuf.

An der Rückseite auf dem Chor befindet sich die Orgel. Diese wurde von einem Wiener Kloster erworben. Obwohl die Orgel noch nicht lange im Gebrauch war, konnte sie trotzdem um den reinen Zinnwert der Orgelpfeifen für die Kirche erworben werden. Wegen der Vergrößerung des Gotteshauses des Klosters wäre das Orgelwerk zu schwach geworden.

Unter den Fenstern des Hauptschiffes befinden sich sechs größere Nischen, wovon zwei, mit Weihwasserbehältern versehen, als Seitenausgänge dienen. Eine enthält den einfachen Beichtstuhl, während die übrigen drei als Kapellen ausgestattet sind, und zwar zu Ehren der schmerzhaften Gottesmutter, des heiligen Josef und des heiligen Antonius.

Eine besondere Eigentümlichkeit der Kirche bildet auch der Kreuzweg. Die einzelnen Stationen sind nicht, wie üblich, in Rahmen untergebracht, sondern in kreisrunder Medaillienform auf Leinwand gemalt und direkt an der Mauer befestigt. Eine rahmenähnliche Zeichnung wurde auf die Mauer selbst gemalt. Damit ist die künstlerische Ausgestaltung der Kirche vorerst abgeschlossen.

Im rechten Nebenraum, der lange als Sakristei diente, wurde die Taufkapelle eingerichtet.

Da die alte Sakristei für den regen Wallfahrtsbetrieb zu klein schien, wurde hinter der Kirche ein Zubau errichtet indem die neue Sakristei untergebracht ist.

Quelle: Franz Völker, Entstehungsgeschichte und Beschreibung der Portiunkulakirche und Lourdesgrotte in Gugging, Wien ¹1929.