Im Jahr 1878 wurde in Wien eine neue Kirche der Missionspriester vom hl. Vinzenz von Paul, zu Ehren des hl. Severin, Apostel des Norikums erbaut und eingeweiht. In diese Kirche wurde der Hauptsitz der „Erzbruderschaft der Königin der Engel" verlegt, die den Zweck hat, durch Anrufung der Königin der Engel von Gott die Bekehrung der Sünder und die Erhörung der heiligen Kirche zu erflehen. Auch der Erbauer des damals berühmten Hauses der Barmherzigkeit für arme unheilbare Kranke Herr Eipeldauer gehörte zu dieser Bruderschaft. Da die Familie Völker neben der Kirche wohnte begann der junge Franz Völker dort mit elf Jahren zu ministrieren. Eines Tages reift in ihm der Wunsch, gleich dem Herrn Eipeldauer, der ihm mit seinem Werk gewaltig imponierte, auch einmal, wenn er groß sei, entweder ein Spital für Arme oder eine Marienkirche zu Ehren der „Königin der Engel" zu erbauen.

Viele Jahre sind seitdem vergangen, aber die Liebe zur Gottesmutter erlosch niemals im Herzen des jungen Franz Völker. Im Jahr 1907 besuchte die Schwester von Franz Völker ihn in seinem Sommerhaus in St. Andrä-Wördern und beide beschlossen ihren Bruder, der in Gugging eine Sommerwohnung gemietet hatte zu besuchen. Bei dieser Wanderung beteten die beiden den Rosenkranz. Als sie damit fertig waren tauchten schon die ersten Häuser des Ortes auf. Da meinte die Schwester zu ihrem Bruder: „Schau nur, so ein netter Ort und keine Kirche, ja nicht einmal eine Kapelle haben sie hier!"

Wie ein Blitz durchfuhr es Franz Völker bei diesen Worten und er erinnerte sich an seinen Jugendtraum. Ja hier soll der Königin der Engel eine Kirche erbaut werden.

Der Bürgermeister und der Pfarrer von Kierling, zudem dieser Ort gehörte waren dem Wunsch Herrn Völkers nicht abgeneigt und so gründete er den Kirchenbauverein am 29. September 1907.

Nach dieser ersten Ermutigung stellte sich für Franz Völker die Resignation ein. Sowohl die Gemeinde, als auch der Stift Klosterneuburg versagten ihm die finanzielle Unterstützung. So begann Völker damit sein ganzes Werk der seligsten Jungfrau, der Königin der Engel und dem höchsten der Engel, dem heiligen Erzengel Michael zu weihen und begann mit Spendenaufrufen.

Um das Interesse für den Kirchenbau zu wecken gab Franz Völker eine eigene Zeitschrift mit dem Titel „Portiunkula" heraus. Mithilfe des Leserkreises konnten viele Spenden lukriert werden, so auch die Anschaffung der Monstranz, die aus gesammelten Schmuckgegenständen der Leser hergestellt wurde.

Im Jahr 1909 fand die Weihe des Baugrundes und am 16. Juni 1909 die Grundsteinlegung statt.  Der Bau ging gut voran, sodass im Mai 1912 im Innern die erste Andacht, eine Maiandacht abgehalten werden konnte. Noch war der Turm nicht ganz fertig, als schon die vier Glocken läuteten, zu Ehren der Königin der Engel, des hl. Josef, des hl. Apostels Bartholomäus und des hl. Franziskus. Leider wurden die ersten drei für den ersten Weltkrieg eingezogen.

Nach und nach gelang es Spender für die Innenausstattung der Kirche zu finden. Nach Schwierigkeiten eine höhere geistliche Person zu finden, welche die Benedizierung vornehmen wollte, erklärte sich schließlich der Msgr. Friedrich Tobler, Dechant von Mariabrunn, dazu bereit. Diese fand am 6. September 1913 statt. Damit war der Bau aber noch nicht vollendet. Während der Kriegszeit konnten die Orgel und die Bänke angeschafft werden. Noch am Totenbett arbeitete Architekt Haas am Plan für den Stiegen Aufgang zur Kirche.

Durch die Mitgliedschaft bei der Erzbruderschaft war Franz Völker die Gnadenstätte Portiunkula in Assisi nicht unbekannt, denn an dieser Kapelle, die sich später der heilige Franziskus für sich und seine Jünger erbat, erschien die seligste Jungfrau oftmals im Kreise sie begleitender Engel, weshalb die Kapelle von den Hirten zu „Unserer Lieben Frau von den Engeln" benannt wurde. In dieser Gnadenstätte erbat sich der hl. Franziskus von Christus der ihm dort erschienen war auch den so genannten Portiunkula-Ablass.

So war es ein Wunsch Völkers einmal dieses Heiligtum zu besuchen. Dieser Wunsch sollte bald in Erfüllung gehen, denn bald nach der Gründung des Kirchenbauvereins ergab sich diese Gelegenheit. In Assisi war Völker von dem Gesehenen so ergriffen, dass er beschloss, seine Kirche ebenfalls Portiunkulakirche zu nennen. Um eine Verwechslung auszuschließen setzte er Österreich davor. Als er sich mit einem deutschen Pater dort darüber unterhielt, war dieser so erfreut, dass er ihm Reliquien aus dem Grabe von Franziskus und Klara und ein Felsenstück aus der Mauer des Heiligtums für seine Kirche mitgab.

In den ersten Jahren nach der Einweihung musste der Erbauer noch selbst für den sonntäglichen Gottesdienst sorgen. Sein größter Wunsch war es aber, dass seine Kirche eine Missionskirche wird. Völker fragte bei mehreren Orden an, erhielt aber immer eine Absage. Doch auch hier kam eine Rettung. Eines Tages kam der Priester Caspar Hutter zu ihm und sei bereit mit dem Verein „Missionswerk für Indien" die Kirche zu übernehmen. Somit war auch die Seelsorge fürs erste gesichert.