Kardinal Franz König bestellte Helmut Krätzl Krätzl am 1. September 1969 zum Ordinariatskanzler der Erzdiözese Wien. In dieser Funktion, die er bis 1980 innehatte, bemühte sich Krätzl vor allem um eine "praxisorientierte Handhabung" der kirchenrechtlichen Vorschriften und um die Förderung einer erneuerten Sakramentenpastoral nach den Leitlinien des Zweiten Vatikanischen Konzils.