Am 2. August 1942 wurden Stein und ihre mittlerweile ebenfalls getaufte und zu ihr nach Echt gereiste Schwester Rosa verhaftet. Wenige Tage später wurden die Frauen in das KZ Westerbork und von dort nach Auschwitz gebracht. Edith Stein gehörte zu jenen Gefangenen, die sofort getötet wurden.