Stephan Turnovszky è nato il 21 giugno 1964 a Lucerna/Svizzera. Dopo il diploma di scuola superiore, ha studiato chimica tecnica presso l'Università Tecnica di Vienna. Durante l'infanzia e la giovinezza è stato attivo nella parrocchia di Döbling-St. Paul.
Dopo la laurea, Stephan Turnovszky ha lavorato nel campo della "Ricerca e Sviluppo" per oltre due anni, fino a quando ha seguito la sua vocazione al sacerdozio ed è entrato nel Seminario di Vienna nel 1992.
Ha trascorso il suo anno da esterno a Tolosa/Francia nel 1993/94. Nel 1997, il vescovo Helmut Krätzl lo ha ordinato diacono. Dopo un anno di diaconato nella parrocchia di Perchtoldsdorf, è stato ordinato sacerdote dal cardinale Christoph Schönborn nella cattedrale di Santo Stefano il 29 giugno 1998.
Per i primi due anni di sacerdozio è stato cappellano della parrocchia di Jedlesee a Vienna-Floridsdorf. In seguito è stato responsabile delle due parrocchie di Großmugl e Herzogbirbaum nel decanato di Stockerau per cinque anni. Dal settembre 2005 era parroco di St. Josef a Baden-Leesdorf.
Il 6 marzo 2008, Papa Benedetto XVI ha nominato Stephan Turnovszky vescovo ausiliare dell'arcidiocesi di Vienna e vescovo titolare di Ancusa, una sede episcopale del primo millennio nell'attuale Tunisia. Lunedì di Pentecoste, 12 maggio 2008, è stato consacrato vescovo dal cardinale Schönborn.
Dalla riunione plenaria estiva della Conferenza episcopale austriaca, tenutasi dal 17 al 18 giugno 2009 a Mariazell, Stephan Turnovszky è il "vescovo dei giovani" dell'Austria. Oltre al dipartimento per la pastorale dei bambini e dei giovani, il tema dei movimenti religiosi (incluso il Rinnovamento Carismatico) fa attualmente parte della sua area di responsabilità.
Il 1° settembre 2012, il vescovo ausiliare Stephan Turnovszky ha assunto l'incarico di vicario episcopale nel vicariato Unter dem Manhartsberg.